代码：

var ms = $("input[name='mstj']:checked").val();

if(ms === '1'){

　　layer.alert('请确认您为免试！'）；

}

layer.confirm(

　　'您确定要保存当前信息吗？',

　　{title:['系统消息','background:#e4f4eb;color:#238651;'], btn: ['确定', '取消'],icon: 3},

　　function(index){

　　　　$('#form1').ajaxSubmit({

　　　　　　type:'post',

　　　　　　dataType:'json',

　　　　　　url:'student_util.jsp',

　　　　　　timeout: 20000,

　　　　　　success:function(data){

　　　　　　　　if(data.state=='1'){

　　　　　　　　　　layer.msg('操作成功！',{icon: 6});

　　　　　　　　　　setTimeout('window.location.href="apply_util.jsp"',1000);//setTimeout是js附带的延缓执行函数

　　　　　　　　}else{

　　　　　　　　　　layer.msg('操作失败！',{icon: 5});

　　　　　　　　}

　　　　　　},error:function(req, textStatus, errorThrown){

　　　　　　alert('操作出现异常，请稍后再试！');

　　　　}

　　});

});

解决方法

var ms = $("input[name='mstj']:checked").val();

if(ms === '1'){

　　layer.alert('请确认您为免试！', function(index){

　　　　layer.confirm(

　　　　'您确定要保存当前信息吗？',

　　　　{title:['系统消息','background:#e4f4eb;color:#238651;'], btn: ['确定', '取消'],icon: 3},

　　　　　　function(index){

　　　　　　　　$("#uploadFile").remove();

　　　　　　　　checkSubmitFlg = true;

　　　　　　　　$('#form1').ajaxSubmit({

　　　　　　　　　　type:'post',

　　　　　　　　　　dataType:'json',

　　　　　　　　　　url:'student_util.jsp',

　　　　　　　　　　timeout: 20000,

　　　　　　　　　　success:function(data){

　　　　　　　　　　　　if(data.state=='1'){

　　　　　　　　　　　　layer.msg('操作成功！',{icon: 6});

　　　　　　　　　　　　setTimeout('window.location.href="apply_util.jsp"',1000);//setTimeout是js附带的延缓执行函数

　　　　　　　　　　}else{

　　　　　　　　　　　　layer.msg('操作失败！',{icon: 5});

　　　　　　　　　　}

　　　　　　　　},error:function(req, textStatus, errorThrown){

　　　　　　　　　　alert('操作出现异常，请稍后再试！');

　　　　　　}

　　　　});

　　　});

　　});

}

原因：

　　layui的所有组件都是非阻断式的，所以处理的话一般都在msg的end关闭消息后去处理跳转